在自然界生存的各种生物都可能发生病害，自然生活在水体中的鳗鱼也不例外。在人工养殖的条件下，密度大，极易发生病害并很快流行和发展，直接造成经济损失。因此能否及时控制病害常常是经营成败的关键。
人工养殖的鳗鱼为什么会生病，简单地说来，一是由于存在致病生物，另一个原因是内在抵抗力降低。
(1)致病生物。常见的病害多数都是由于各种致病的生物传染或侵袭到鳗鱼体内外而引起的。这些致病的生物称做病原体，包括病毒、细菌、霉菌、藻类、原生动物以及蠕虫、蛭类和甲壳动物等等。在这些病原体中，有些个体很小，需要放大几百倍甚至上万倍才能看见，称它们为微生物，如病毒、细菌、真菌等。有些个体较大，如蠕虫、甲壳动物等，统称为寄生虫。这些病原体能否侵入鱼体引起病害，与病原体的毒力和数量有关。毒力弱的病原体只有大量侵入鱼体才能感染致病，毒力强的病原体，少量侵入即可引起病害。显然，如果饲料或养殖用水中含有大量的某种病原体，就不可避免地引起这种病。因此预防和治疗鱼病，可以简单地概括为杀灭水体中和鱼体内的病原体。
(2)鳗鱼的抵抗力。同一个养鳗池中的鳗鱼有的生病，有的不生病，是由于不同的鱼对致病生物的抵抗力不同，这种抵抗力又称做免疫力。在遭到病原体袭击时，免疫力强的可以抵抗病原体，免疫力弱的则不能抵抗病原体而致病。
免疫力的强弱由鳗鱼内在因素决定。内在因素的差别受到遗传和人为因素的影响，体现在两个方面：①因为食性、性别、年龄、营养状况、内分泌的差异，使体内化学物质的组成有差异，某些鱼体内环境适宜于某些病原体繁殖，因此容易感染生病，另一些鱼不适合这种病原体繁殖就不易感染，所以不同鱼对同一种病原体的敏感程度不一样。②病原体入侵鱼体的过程中受到鱼的粘液、鳞片，皮肤等一系列非特异性免疫系统以及特异性免疫系统的阻止和抵抗，阻止和抵抗的能力有大有小，当小到不足以阻挡病原体入侵时必然发生病害。
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