形态特征不同
草鱼，体长形，前部近圆筒形，尾部侧扁，腹部圆，无腹棱。头宽，中等大，前部略平扁。吻短钝，吻长稍大于眼径。口端位，口裂宽，口宽大于口长;上颌略长于下颌;上颌骨末端伸至鼻孔的下方。唇后沟中断，间距宽。眼中大，位于头侧的前半部;眼间宽，稍凸，眼间距约为眼径的3倍余。
鲫鱼体侧扁而高，体型较小，背部暗淡，腹部发白色浅，不过也因鱼产地的不同体色呈现出差异，但多呈黑色并带有金属光泽。嘴上无须，鱼鳞较小。鲫鱼体色主要是灰色，如灰黑色的体背，银灰色的体腹和灰白色的鳍条。
生长习性不同
草鱼栖息于平原地区的江河湖泊，一般喜居于水的中下层和近岸多水草区域。性活泼，游泳迅速，常成群觅食。为典型的草食性鱼类。草鱼幼鱼期则食幼虫，藻类等，草鱼也吃一些荤食，如蚯蚓，蜻蜓等。在干流或湖泊的深水处越冬。生殖季节亲鱼有溯游习性。
鲫鱼鲫鱼分布广，适应能力特别强，能受0℃的低温，也能忍受0.1毫克/升以下的低氧，并在酸碱度pH10左右的水体中也能生长繁殖。 鲫鱼的繁殖能力强，其性成熟早，一般1龄鱼就可怀卵，据资料，一尾重约100克左右的雌鱼，其怀卵量可达800-1000粒，5龄鱼可超过10万粒。产卵习性大致与鲤鱼相同。 鲫鱼也是杂食性鱼类，幼鲫主要吃浮游生物和植物嫩芽、腐屑等。成鱼喜吃各种水生昆虫和底栖动物，更吃各种商品饲料。
营养价值不同
草鱼富含蛋白质、脂肪，每100克含蛋白质15.5 -26.6克，脂肪1.4-8.9克，还含有无机盐、钙、磷、铁、维生素Bi、维生素B2、硫胺素、核黄素、尼克酸、烟酸等。草鱼含有丰富的不饱和脂肪酸，对血液循环有利，对心血管病人很有益处。
鲫鱼主要是以植物为食的杂食性鱼，喜群居而行，择食而居。肉质细嫩，肉营养价值很高，每百克肉含蛋白质13克、脂肪11克，并含有大量的钙、磷、铁等矿物质。鲫鱼药用价值极高，其性平味甘，入胃、肾，具有和中补虚、除羸、温胃进食、补中生气之功效。
