▼常设展览▼
大运河——中国的世界文化遗产
展览全景展示中国大运河历史面貌与文化价值，观沧桑运河之历史沿革，叹水利工程之天工巧夺，晓国家管理之天下转漕，读万民生业之流蕴风物，并结合大运河漫漫申遗长路，以及大运河文化带和国家文化公园建设的新时代背景，对世界文化遗产的保护、传承和利用做了全方位回顾与展望。
因运而生——大运河街肆印象
展览以“城市历史景观再现”的模式打造一个有历史场景和真实业态、让观众可以互动体验的展厅。入口以船行至岸边开始，由一条主街将不同空间、不同时间的“运河故事”串联，以真实的视觉、触觉、味觉、嗅觉、听觉体验，从多个维度让观众身临其境，开启一场穿越时空之旅。
▼专题展览▼
大运河非物质文化遗产
漫步非遗展厅，简约雅致的背景，衬托出传统文化在当代的活力。展览设计以观众参与体验为核心，考虑不同层次、年龄观展群体的需求，用静态（展品）、活态（展示、展演）相结合的表现形式突出非遗项目的观赏性，描绘大运河两岸非物质文化遗产带来的美好生活。
世界知名运河与运河城市
展览以运河为纽带，以具有共同运河文化基因和身份认同的运河城市为主体，从世界遗产、水利智慧和城市风情三个方面，探索世界运河的渊源，诠释运河城市特色。
中国大运河史诗图卷
《中国大运河史诗图卷》总长135 米，高3 米，由江苏省书画家为主创成员，大运河沿线8 个省（直辖市）的15 位书画家共同参与完成。展览以图卷与图像的形式将百米长卷合理排置，展示与记录了史诗图卷及其创作历程，呈现出运河史诗的恢宏气魄。
隋炀帝与大运河
展览以隋炀帝杨广乘坐龙舟南下，自作《早渡淮诗》为引，徐徐展开这个历史人物与大运河的故事。通过文物配合场景再现、文字展板的形式，讲述隋炀帝与扬州及大运河之间千丝万缕的关联。
紫禁城与大运河
展览设计巧妙运用故宫建筑元素，景展融合，化繁为简，既让观众领略到紫禁皇宫的美轮美奂，又阐释了紫禁城营建与大运河的密切关系，并以北上宫廷的玉器、漆器、瓷器等文物将清代宫廷生活片段一一呈现在观众眼前。
运河湿地寻趣
“运河湿地寻趣”主要面向少儿群体，参与性强，在互动中呈现运河两千年的生态涵养，探寻运河湿地的奥秘。展览实现了博物馆陈列从静态到动态、从单一到多元、从参观到参与、从知识到见识、从技术到艺术等多维度功能提升。
▼数字化沉浸式体验展▼
河之恋
“河之恋”是中国大运河博物馆的数字化专题展厅，展览以“水”“运”“诗”“画”四个篇章，阐释中国大运河文化。通过 “科技+ 艺术+ 文化”的裸眼技术理念，突出声、光、电、形、色等方面的流动效果，营造出富有创意、极具新意的沉浸式体验。
运河上的舟楫
展览为中国大运河舟楫主题的多媒体互动体验展，以实体体验结合数字多媒体虚拟体验的方式，讲述大运河舟楫的演变、舟楫的类型等相关知识与故事，展示大运河舟楫带来的南北文化融合与古今美好生活。
大明都水监之运河迷踪
“运河迷踪”是为青少年观众打造的展览。全开放式的体验空间结合了备受青少年喜爱的古风和二次元的风格，并以“密室逃脱”的游戏方式，让青少年观众体验到探索大运河的乐趣，领略到大运河沿岸风物的美好。
