流行性乙型脑炎的临床表现以发热、意识障碍、抽搐、呼吸衰竭和脑膜刺激症等为特征，疾病潜伏期一般为5-15天。具体不同时期的症状表现如下：
初期
起病急，主要表现为全身不适，头痛、发热，常伴有寒战等症状。体温急剧上升至39～40℃，伴头痛、恶心和呕吐，部分病人有嗜睡或精神倦怠，并有颈项轻度强直，病程1-6天左右。
急性脑炎期
此期最突出的特征是持续发热，体温高达39度-40度以上，多持续5-10天，以后呈阶梯下降。应中枢神经感染加重，可出现意识障碍，如精神恍惚，昏睡和昏迷等，惊厥或抽搐也比较常见，80%的患者有颈项强直表现。
恢复期
乙脑在恢复期体温逐渐下降，精神、神经系统症状逐日好转。重症病人仍神志迟钝、痴呆、失语、吞咽困难、颜面瘫痪、四肢强直性痉挛或扭转痉挛等，少数病人也可有软瘫症状，但经过积极治疗大多数症状可在半年内恢复，少数重症病人半年后仍有意识障碍、痴呆、失语及肢体瘫痪等精神神经症状，为后遗症。
重型乙型脑炎
通常发热在40度以上，有昏迷、惊厥、显著的脑膜刺激征及神经系统的体征。呼吸、循环均可发生衰竭。休温多迅速上升至39—40度甚至以上，发病初1—2天内有严重的头痛、头晕、疲倦、恶心、呕吐、嗜睡或有烦躁不安、兴奋，或表情呆板、对外界反应差，眼结膜充血，瞳孔对光反应迟钝，颈强直，婴幼儿可出现前囟门凸出。
约经过24—28小时病情更加严重，体温可高达4I度以上，出现昏迷、惊厥，肢体呈强直性或迟缓性瘫痪。在深度昏迷下，可出现大小便失禁或尿潴留，甚至可至呼吸衰竭、死亡。
普通型乙型脑炎
发热40度左右，有头痛、恶心、呕吐、脑膜刺激征，在意识障碍方面仅有不同程度的嗜睡，或烦踩不安，神志恍惚，但无昏迷，在发病后5—7天体温开始下降至正常，一般在14—21天完全恢复，很少留有后遗疗。
轻型乙型脑炎
发热38—39度斤右，有头痛、恶心、呕吐、嗜睡等症状，无意识障碍。可有轻度的脑膜刺激征，体温一般在3—5天左右下降，没有后遗症，一般7—10天左右可恢复正常。
