冲突，如果指的是是否可以同时参保，那二者不冲突，您可以同时参保新农合和工伤险;如果指的是是否可以同时使用，那二者冲突，新农合与工伤险不能同时使用(即报销)。费用补偿型医疗保险的给付金额不得超过被保险人实际发生的医疗费用金额。医疗费用并不能重复报销，只能报销一次，这是为了防止被保险人利用保险获取不当利益。
费用补偿型医疗保险的给付金额不得超过被保险人实际发生的医疗费用金额。根据该规定，费用补偿型医疗保险应遵循补偿原则，不论被保险人其财产或者人身受保险合同保障，享有保险金请求权的人。
而且，工伤事故是不能使用新农合医疗进行报销的。下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
1、应当从工伤保险基金中支付的;
2、应当由第三人负担的;
3、应当由公共卫生负担的;
4、在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
新型农村合作医疗，简称“新农合”，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
工伤保险，是指劳动者在工作中或在规定的特殊情况下，遭受意外伤害或患职业病导致暂时或永久丧失劳动能力以及死亡时，劳动者或其遗属从国家和社会获得物质帮助的一种社会保险制度。工伤保险的认定 劳动者因工负伤或职业病暂时失去劳动能力，工伤不管什么原因，责任在个人或在企业，都享有社会保险待遇，即补偿不究过失原则。
从“新农合”与“工伤保险”的阐述可以看出，农村合作医疗保险是针对农村户籍没有参加社保，在同一户口簿都要求参加农村合作医疗保险的群体。而工伤保险是劳动者因工受伤，短暂或永久丧失劳动力的补偿，其补偿者除本人外，还包括遗属。医疗报销是补偿制，采用填平原则，就是说在一次医疗花费总的报销额度不能超过实际花费。而工伤保险不采用填平原则，是为确保职工在因工受伤期间生活有所保障的补偿措施，其报销范围：住院伙食补助费;外地就医的交通、食宿费用;停工留薪期的工资福利待遇;停工留薪期的生活护理;伤残津贴;一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金。
工伤保险的报销范围和补偿金都是大于新农合的，而我国虽有各种的险类可以一起参保使用，但医疗费不能重复报销。
需要注意的是，在我国保险的报销的规定中，投保了几份医疗保险，医疗费用只能报销一次，这样可以防止道德风险的发生，防止被保险人因保险而获取不当利益。因此，若投保了费用补偿型医疗保险，医疗费用并不能重复报销。
