有机辣椒生产要综合运用多种预防措施，管理病虫草害的繁殖和有利于各种天敌繁殖的环境，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各种病虫草害的损失。露天蔬菜全面应用杀虫灯融性诱导剂，设施蔬菜全面应用防虫网、粘虫板、夏季高温闷室消毒等生态栽培技术。实施轮作，与非茄科作物实施3年以上轮作，推进菜粮和菜豆轮作。
一、农业防治
1、冬耕冬季灌溉，冬季白茬土在大地冻结前深中耕，有条件的耕作后灌溉，可提高越冬蛹、虫卵死亡率。
2、幼苗期，育苗用无病床、苗土培育无病壮苗，露天育苗苗床要盖防虫网，保护地育苗通风口设置防虫网，防止蚜虫、潜叶蝇、粉毛进入为害传毒，出苗后撒干土或草木灰填补缝隙。加强苗期温湿度管匿，改善育苗条件和方法，选择排水良好的地方作为苗床，施加的有机肥应充分腐熟，采用营养钵育苗，基质育苗，出苗后尽量少浇水，即使阴天也要注意揭去塑料覆盖，苗床温度白天控制在25~7℃，夜间控制在15℃以上，逐步通风降湿，发现病株及时拔出销毁。在床上喷1~2次等量式波尔多液。苗期施用艾格里微生物肥，有利于增强光合作用和抗病毒能力。
3、定植到结果期，选择无病壮苗，高畦栽培，合理密植。施足腐熟的有机肥料，定植后注意松土，及时追肥，促进根系发育。定植缓苗后，每10-15天用等量式波尔多液喷雾。覆盖地膜可以减轻前期的发病。及时摘除病叶、病花、病果，拔除病株深埋或烧毁，决不能放弃在田间或水渠内。及时清除田野杂草和野菜。及时通风、降湿、降温，控浇水，不要大水漫灌，采用软管滴灌法，提倡适时浇水，根据湿气情况浇水，减少浇水次数，田间出现零星病株后，控制水预防疾病，棚内加强水分管理，降低湿度，通风透光，改善浇水方式，推进膜下渗灌和软管滴灌，应该选择在晴天的上午浇水，浇水后提温降湿。
二、实施轮作
和非茄科作物实施3年以上轮作，推进菜粮和菜豆轮作。
三、种子处理
选择抗病、耐病、高产优质品种，各地主要病虫害不同，栽培方式不同，选择抗病虫品种因地制宜，灵活掌握。种子消毒，可以用1%高锰酸钾溶液浸泡20分钟，或者用1%硫酸铜液浸泡5分钟。浸种后，用清水洗净，催芽，播种。用10亿个/克枯草芽孢杆菌湿性粉剂混合种子（用药量为种子质量的0.3%-0.5%）可以防止枯萎病。
四、土壤及棚室消毒
棚室消毒，即在不栽培作物之前，对地面、棚顶、顶面、墙面等处，用硫熏蒸消毒，每100米s空间用硫磺250克、锯末500克混合分成几堆，点燃熏蒸一夜。夏季高温季节，深翻25厘米，撒500公斤切碎的稻草和麦秸，加入100公斤熟石灰，四周起垄，浇水后盖地膜，保持20天，可以消灭土壤中的病菌。
