鸡的生物钟受到夜晚（黑暗中）时分泌的褪黑素影响。同时，公鸡打鸣和鸡的雄激素也有关。绝大多数鸟都是夜盲症患者，鸡也不例外，一般情况下，夜里鸡都在睡觉。鸡的大脑里有个“松果体”。松果体可以分泌一种称为褪黑素的物质。只有伸手不见五指，松果体才会分泌褪黑素，如果有光射入眼睛，褪黑素的分泌便被抑制。褪黑素能抑制性激素的分泌，也直接控制鸟类的歌唱。
晨光乍现，褪黑素的分泌受到抑制，雄鸡便不由自主的“司晨”；一年之中，当白昼渐渐变长，鸟儿体内的褪黑素水平下降，它们便开始“叫春”。公园里提着鸟笼的大爷也知晓这个道理，平常鸟笼都被厚厚的布罩盖着，一旦摘下布罩，光线惊醒了鸟儿的“鸣叫中枢”，歌咏会便开始了。
古代，公鸡可以安享黑暗静谧的夜晚。有时遇到满月，月光偶尔也会刺激太过敏感的公鸡“起夜”。而到了战乱时候，被声音和火光惊扰的公鸡夜啼的概率大大增加，于是古人以“雄鸡夜鸣”为战争的凶兆。
日本名古屋大学的两位研究者通过实验证明，公鸡打鸣是由内在的生物钟控制的，但外在的光线和声音刺激也会诱发公鸡打鸣。
研究者们让公鸡单独居住，不过独居的公鸡停止了打鸣，试了好几个品种都是如此。研究者读了很多历史文献，发现公鸡的打鸣是一种宣布自己领地的方式，于是研究者改为让40只30周龄纯种PNP公鸡每4个住在一间隔音隔光的房间里，但每只公鸡有自己独立的笼子，防止它们互相啄伤。
公鸡们居住环境恒温20℃，保证公鸡随时可取食和饮水。研究者先让公鸡们在12小时光照12小时黑暗中适应了一周，后把公鸡置于12小时光照12小时黑暗的房间中观察两周，发现公鸡会在光照出现前2小时打鸣。
而把公鸡置于24小时黑暗中观察两周时，公鸡打鸣周期约为23.7小时，打鸣时间不是很固定，随着处在黑暗中的时间增加，公鸡打鸣的规律性逐渐下降了。这些都是公鸡打鸣存在一个生物钟的有力证据。
