一、播种期防治
1、因地制宜选用商品性好、产量高的抗（耐）病品种，如毛粉802、佳粉17、佳粉10号等。
2、种子处理：利用高温对种子进行处理，杀死表面附着的病原菌。针对当地的主要病害选用下述方法。
3、苗床：用50%多菌灵可湿性粉剂与50%福美双可湿性粉剂按1：1混合，或25%甲霜灵可湿性粉剂与70%代森锰锌可湿性粉剂按9：1混合，按每平方米用药8—10克与15—30公斤细土混合。播种时1/3铺在床面，其余2/3盖在种子上。
4、安装防虫网：棚室的放风口用防虫网封闭，孔径为25－40目，幅宽1－1.2米，覆盖在放风口处。
二、生长期防治
（一）灰霉病棚室种植的番茄发病重。
1、适当增施磷钾肥，提高植株抗病能力。采用滴灌、膜下暗灌技术，防止大水漫灌。发病初期及时摘除残留花瓣及柱头，病叶、病果，拔除病株，防止病害蔓延。
2、药剂防治：烟剂熏蒸、粉尘法防治病虫，同常规喷雾相比具有不增加棚内湿度、减轻劳动强度、节省农药等优点，根据具体情况可选用不同的施法。
（二）早疫病
1、病叶病果，棚室内及时通风散湿。
2、药剂防治。发病初期开始喷药施药，7天左右1次。
（三）晚疫病
1、首先要控制好温湿度，尽量降低棚内温湿度，白天控制在26－30℃，夜间控制20－24℃，可在棚膜上加盖遮阳网降低棚温。及时通风散湿使相对湿度保持60－70％。发病后摘除病叶、病果。
2、药剂防治：发病初期开始施药。
（四）叶霉病
1、发病初期及时摘除下部病叶。
2、在防治早疫病、晚疫病时可考虑兼治，但喷药时应以叶片背面为主。药剂防治可用粉尘剂或烟熏剂防治。
（五）病毒病番茄病毒病。
田间症状主要有花叶型、蕨叶型、条斑型等。近年来番茄条斑病毒病危害越来越重。防治措施：
1、晚打杈、早防蚜。晚打杈可减少和推迟农事操作对烟草花叶病毒的传播；早防蚜可预防黄瓜花叶病毒的发生和传播。
2、药剂防治：用83增抗剂100倍液，苗期、缓苗后各喷一次。
（六）蚜虫：
1、利用蚜虫的驱避性，田间黄板诱杀或挂银灰膜避蚜。
2、化学防治：用0.36％世绿（苦参碱）1000倍—1500倍液，或10%吡虫啉可湿性粉剂2000—3000倍，或50%抗蚜威可湿性粉剂2000—3000倍液，或10％除尽悬浮剂2000倍液。
