为了达到预期的育种目的，种貂场应有明确的育种计划，首先对现有貂群进行调查分析，总结其优缺点。然后在遗传学理论的指导下，根据分析结果提出育种指标，制定具体育种方案。育种要与改善饲养管理相结合，给种貂创造良好的营养条件和环境条件。水貂育种目前多采用近交和杂交两种方法。
(1)近交育种。由同一祖先且亲缘关系较近的水貂进行交配为近亲交配，如子亲回交，垒同胞交配、半同胞交配、表亲兄妹交配等。近亲交配会造成后代明显分离，在分离后的后代中，经若干代有目的地近亲交配选育，就能形成几个不同的品系（纯系）。
这种育种方法称近交育种，是育种工作中用来改良动物品质的一种有效手段。虽然近交后代常伴有缺陷出现，但并不都是有害的。现在的许多优良家畜品种都是用近亲繁殖的方法，通过大量淘汰不良个体培育而成的。常用的近交育种方法是品系育种，具体做法是：选择1只或几只近亲的，具有优良性状的雄貂作为品系繁殖的基础貂，用几只在貂群中选择出来的优良雌貂与之交配，然后再在后代中选择优良个体进行近亲交配（以半同胞近交为最佳，可避免因近交程度增加太快而造成近亲衰退）。在子二代中再选择优良种貂进行同质选配。经过3～4代近交选育，即可获得与祖系（指各组品系基础雄貂）同样优良的，甚至超过祖系性状的种貂群。
由于近交繁殖的后代常伴有缺陷出现，甚至造成生活能力和生产性能全面减退，所以在近交育种过程中，要严格淘汰不符合种貂条件的个体，以防止在优良性状提高的同时出现近交衰退现象。
(2)杂交育种：将2个或2个以上不同品种、不同品系的个体进行交配，利用杂种优势达到育种的目的。水貂杂种优势主要表现在繁殖力、泌乳力，生长速度，抗病力以及生活力方面。水貂杂交的母本一般采用本地貂，父本多用引进优良雄貂，父、母本一定是具备本品种特征的纯种，并且还要对各种性状的遗传性有所了解，以预测杂交后代可能出现的遗传现象。
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