水产动物疾病应通过多种途径，采取综合措施，才能达到预防目的。现将一般的预防方法介绍如下。
(1)彻底清塘。池塘是水产动物的生活场所，其清洁与否直接影响到水产动物的健康，所以一定要做好消灭病菌、清除敌害的工作。各种疾病的预防，首先也是做好清塘消毒工作。
干塘清塘：这种方法简单，效果也比较好。就是把塘水车干或放干，挑去一层淤泥（淡水池塘可作农业肥料，对海水淤泥应运送到稍远处，防止回流原池），然后让塘底冰冻并曝晒，以达到消除病虫害的目的。同时，还要清除池塘堤坡上的杂革，以减少昆虫等产卵的场所。
生石灰清塘：车干或放于水后只剩6-10厘米水深的池塘，每亩用生石灰50-75千克。带水清塘，可按每亩水深l米用125-150千克的量来计算。一般7天后可放养。生石灰能杀死细菌、寄生虫、水生昆虫、椎实螺、害鱼、蛙卵、蝌蚪、青泥苔以及一些根浅茎软的水生植物。但是，在水较深的情况下，生石灰带水清塘除害效果不太理想，这是应注意的问题。
漂白粉清塘：含氯量为30%的漂白粉每亩水深l米用13.5-15千克，化水后均匀泼洒全池。一般3-5天可放养，漂白粉清塘效果与生石灰清塘相同。
生石灰、漂白粉混合清塘：每亩水深1米用生石灰65-80千克、漂白粉6.5千克。7天后可放养。
使用生石灰清塘还应掌握生石灰性干燥易吸湿的特性。存放时间较长、已风化成粉状或已发好的熟石灰，清塘效果极差，不可用。应选用质量好的块灰。
无论用何种药物、何种方法清塘，由于水温不一样以及各种养殖品种对药物的忍耐程度不同，放养前都必须用放养的品种试一试，渔民叫试水，证明毒性确实消失后，方可大批放养。
(2)搞好水体环境。水体环境的好坏，直接影响到水产动物的生长和疾病的发生。如水质肮脏发臭、肥而不爽，易患各种疾病。因此，在饲养管理的过程中，必须认真观察水质变化，及时采取培肥、加水、换水等措施，改善永体环境。
(3)注意操作。当操作不细心，水产动物体表受伤时，就往往造成细菌、霉菌和寄生虫的侵袭。因此，在拉网、转塘和运输时，操作必须过细，不能马虎，以免养殖对象受伤，感染疾病。
(4)做好四定投饲。四定投饲是根据我国渔民长期养鱼实践，总结出的积极防病措施，也适合其他品种的养殖。①定质：饲料要新鲜、清洁，腐烂变质的不能投喂；②定量：根据不同季节和气候变化、水的肥瘦、个体大小和吃食情况，适量投饲；③定时：投饲要有一定时间，一般在上午9-10时，下午3-4时投饲较好，这样可以养成定时吃食的习惯；④定位：固定位置投饲，养成养殖对象在固定地点吃食的习惯，食台应设置在投饲方便、向阳的塘边为好。
(5)做好药物预防。在疾病流行季节和放养苗种时，进行药物预防，也是防止水产动物生病的重要措施。具体地说，用什么药，采取什么方法，在各种疾病的预防方法中都有交待，这里不再一一赘述。总的来说，药物预防包括菌种药浴、全池泼洒药物、投喂药饲、食场和工具消毒等措施，应该认识到这些措施都是切实可行的预防方法，可以达到预期的效果。
(6)免疫预防。免疫就是对病原体产生抵抗力而不会发病。免疫预防是行之有效的、很有价值的预防途径。关于鱼类和甲鱼的免疫预防已有成功的报道，效果是肯定的，渔农应掌握信息，购买疫苗或自制疫苗，应用于生产。
(7)生态学预防方法。水产动物生活在水中，疾病的发生和发展与生活环境有着密切的关系。有些渔工在发现鱼有病或不正常时，往往喜欢将鱼搬移到另一个塘饲养，这样可以避免发病或死亡等情况的继续发生，这就是利用生活环境的突然改变来达到预防和控制疾病发生与蔓延的目的。近年左文功等采用回避发病高峰、控制放养规格的生态学方法养两茬草鱼种，提高草鱼成活率。以及廖翔华等研究饼形碘泡虫，发现这种病原体只感染幼鱼，在成鱼中不会出现，提出将成鱼塘和育苗塘轮流使用，即用成鱼塘育苗，结果在成鱼塘培育的草鱼苗几年内均未出现孢子虫。这些都属于生态学防病的范畴。这种方法最大的优点是对环境无污染，应该提倡。
(8)做好检疫工作。从外地购进苗种时，应邀请有经验的鱼病工作者，协助做好检疫工作，不从疫区购进苗种，不购进有病苗种，保障生产正常进行。
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