目前发酵床鸡舍主要用于饲养肉鸡，能够做比较的是近几年最常用的两种饲养方式，即薄垫料养鸡法和网上养鸡法。下面就发酵床与这两种养鸡模式做具体的对比分析。
一、发酵床养鸡法与薄垫料养鸡法对比
虽然发酵床养鸡法和较早使用的铺设垫料养鸡做法接近，但两者却存在本质的区别：
1、两者垫料的厚度不同
发酵床养鸡的垫料较厚，要求达到40厘米左右；而垫料养鸡的垫料不厚，远低于发酵床养鸡的垫料的厚度。
2、两者垫料的作用不同
垫料养鸡中垫料较薄，其作用只是吸附鸡粪和改善地面的坚硬、冰凉等条件，不具有发酵功能，不能解决粪的出路问题。
发酵床垫料具有特殊的发酵功能，发酵能彻底分解鸡粪，发酵产生热量。
3、两者产生的效果不同
发酵床辩明鸡鸡舍内几乎没有臭气，热量又把鸡粪中的水分熬腾到空气中、垫料基本保持干爽。而传统垫料养鸡的垫料比较湿，鸡舍内臭气较多。
4、两者垫料投入资金不同
薄垫料养鸡法虽然首次铺设垫料的投入较小、但铺一次垫料(约10厘米)只能用一个批次的肉鸡，而且出栏时要人工清理出老垫料、重新铺设新垫料。
发酵床养鸡一次铺设垫料的投入较大，但可以用3年以上时间，养鸡15批次以上，平均每个批次消耗垫料3厘米，并且不需要清理和重新铺设垫料(以上比较以饲养速生白羽肉鸡为例)。
二、发酵床养鸡法与网上平养法、笼养法对比
网上平养法是指肉仔鸡养在特制的网床上，网床由床架网及围网构成。
笼养法是指肉仔鸡从出壳一直到出栏都在笼内饲养。它的最大优势在于饲养密度高，鸡舍利用率高，便于饲养管理中的机械化、自动化操作。
与薄垫料养鸡法相比，在网上平养和笼养法的优点是地面干净，鸡群与粪便接触少，减少肠道细菌感染和球虫病的发生。在管理方便程度、劳动强度方面，干撒式发酵床养鸡法与网上平养法、笼养法基本相同。
发酵床养鸡法节省了部分供暖，这一点是网上平养法与笼养法都无法相比的。在设施投资方面，干撒式发酵床养鸡法与网上平养法单位面积成本接近，而笼养法的投入要相对高很多。
另外，由于鸡的胸部与网面的摩擦，网上平养法和笼养法都会出现明显的胸囊肿病，而且笼养法还会造成鸡的胸骨弯曲和软腿病等。
尽管笼养法的最大好处是单位鸡舍面积的饲养密度高得多，但总的比较，笼养法不如干撒式发酵床养鸡法与网上平养法综合效益合算。
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