水产高效养殖分为淡水养殖和海水养殖。淡水养殖品种包括：1、鱼类，我国淡水鱼类约800多种，250种左右有经济价值，其中产量高具有重要经济价值的种类约40多种，主要有鳇鱼、鲟鱼、白鲟等。2、甲壳类，主要有日本沼虾、罗氏沼虾、南美白对虾等。3、其他品种主要有观赏鱼类的金鱼、锦鲤等。
一、淡水主要养殖品种
1、鱼类
（1）我国淡水鱼类据统计大约有800多种，其中有250种左右的鱼类有一定经济价值，产量高并且具有经济价值的种类大约有40多种。
（2）养殖品种有鳇鱼（西北鲤科无鳞）、鲟鱼（史氏鲟、匙吻鲟）、白鲟、团头鲂、长春鳊、鲤鱼、鲫鱼、鲥鱼、节虾虎鱼、泥鳅、黄鳝、太湖新银鱼、公鱼、大银鱼、鲑鱼（大马哈鱼）、草鱼、鲢鱼、鳙鱼、青鱼、鳜鱼、鲶鱼、黄颡鱼、乌鳢（黑鱼、才鱼）、南方大口鲶、长吻鮠、鳗鱼（鳗鲡）、河豚等。
（3）还有虹鳟鱼、罗非鱼、淡水白鲳、淡水鲨鱼、革胡子鲶、斑点叉尾鮰、大口黑鲈、巴西鲷鱼等国外引进品种。
2、甲壳类：甲壳类主要有日本沼虾、罗氏沼虾、南美白对虾、克氏原螯虾（小龙虾）、红螯螯虾、中华绒螯蟹（河蟹、大闸蟹）等。
3、其他品种：其他品种主要有观赏鱼类金鱼、锦鲤，特种的中华鳖、乌龟、巴西龟、鳄龟、大鲵（娃娃鱼）、田螺、河蚌和宽体金钱蛭等。
三、海水主要养殖品种
1、贝类：贝类的主要品种为杂色蛤、西施舌、文蛤、乌贝、毛蛤、血蛤、扇贝、贻贝、竹蛏、蛏、牡蛎、青蛤、四角蛤蜊、菲律宾蛤仔、鲍鱼、海螺等。
2、藻类：藻类主要有海带、裙带菜、紫菜、枝角藻、螺旋藻等。
3、甲壳类：甲壳类主要有中国对虾（东方对虾）、日本对虾、斑节对虾、南美白对虾、三疣梭子蟹、日本蟳、锯缘青蟹、琵琶虾、灯笼虾、虎头蟹等。
4、鱼类：鱼类主要有河鲀、真鲷、黑鲷、鲷、马面鲀、半滑舌蹋、鳗鲡、梭鱼、鲈鱼、大菱鲆（多宝鱼）、石斑鱼、大黄鱼、小黄鱼、石首鱼、比目鱼、跳跳鱼（弹涂鱼）等。
