腐殖酸钠在水产养殖中主要起吸附作用、抗菌消炎作用和抗病毒作用，还具有肥水、净化水质、物理遮阳、养草保草、螯合重金属离子、改善底质、解毒除臭等作用。
一、腐植酸钠在水产养殖中的作用
1、吸收作用
由于腐殖酸分子中含有大量的氮元素，对氨基类有很强的吸收作用，能分解在养殖水体中底层养殖动物的排泄物、残饵、有机絮团，还能减少养殖动物排泄物的臭味，还能通过吸收排泄物中的氨气给底层草藻提供肥效。
2、抗菌消炎作用
（1）腐殖酸能通过活化垂体-肾上腺系统，能促进皮质激素并能对抗胺引起的毛细血管的渗透性增强，它为高分子络合物且含有生物碱，能够针对肠道炎和一些有毒的物质有很强的吸附作用，还能对养殖动物的肠道粘膜有收敛的作用，能够防止肠道炎的发生。
（2）养殖水中含有各种不同的酶，而腐殖酸钠分子中的活性基团能在各种酶的作用下能够分解成许多具有杀菌效果的初生态氧。
3、抗病毒作用
腐殖酸钠能和抗菌素不一样，它本身没有毒性反而能够解毒，对马钱子碱、重金属等等有着解毒的作用，而且还能降低养殖水体中的化肥尿素的毒性，能控制青苔生长的遮光剂，并且还能有絮凝有机分子的净水剂。
二、腐殖酸钠在水产养殖中的用法
1、肥水
腐殖酸钠在早期的水产中的应用就是来自于肥料的特性，但是不属于养分，因为腐殖酸钠是属于钠盐，它是一类高分子的有机弱酸，主要是有植物残体腐败后而形成的产物，主要是由氢、碳、氧、氮等一些元素组合而成。
2、净化水质
腐殖酸钠有复杂的结构和多种功能团，主要是一种较稳定的具有芳香结构的天然大分子有机质，由许多稀疏的芳香环所连结在一起合成一张断断续续的大网，组成的结构中有很多大小不一的空隙，所以有很强的吸附性和很高的反应活性。
3、物理遮阳
在施用腐殖酸钠后养殖水体会变成酱油一样的乌黑色，能够阻挡阳光到达底层，能够预防青苔的生长，一般在养殖螃蟹的水体中用量较大。
4、养草保草
由于腐殖酸钠能吸收氨气所以能给在养殖螃蟹塘中种植的水草提供很好的养分，能够保草养草。
5、螯合重金属离子
腐殖酸钠本身是含有较大的负电性，所以能和水中的重金属离子发生反应，能拥有交换离子的特性来与金属离子形成螯合物。
6、改善底质、解毒除臭
腐殖酸钠主要是由球状和破碎状的颗粒，它的网状及多孔的结构能够疏松土壤，改善底层土壤的透气性，腐殖酸钠能吸附底层环境中的硫化氢和氨气，从而去除水体中的臭味，减少环境的污染。
