一、受理
(一)受理机关
1、大陆居民申请因私事前往台湾探亲、定居、访友、旅游、接受和处理财产，处理婚丧及其他私人事务(以下简称因私事前往台湾)，以及申请前往台湾进行本企业经贸交流活动，由常住户口所在地的市、县公安机关出入境管理部门受理。直辖市、地(市)级公安机关出入境管理部门可直接受理本辖区常住居民往来台湾的申请。
未满16周岁和70周岁以上的大陆居民申请因私事前往台湾，也可以由其直系亲属或其他监护人代办。
2、大陆居民申请应邀前往台湾进行经济、文化、科技、体育、学术等活动或者参加会议、进行两岸事务性商谈、采访，以及执行海峡两岸直航航运任务等(已经国务院台办审核，以下简称应邀前往台湾)，由常住户口所在地的直辖市或者地(市)级的公安机关出入境管理部门受理。工作所在地与常住户口所在地不属同一个地(市)级公安机关管辖区的，也可由工作所在地的公安机关出入境管理部门受理申请。
大陆居民应邀前往台湾，可以由本人申请办理，也可以由组团单位集中代办。
3、定居国外的中国公民来大陆后申请前往台湾，由暂住地的公安机关出入境管理部门受理。
(二)申请材料
1、提交《大陆居民往来台湾地区申请审批表》(以下简称申请审批表。样式附后，由各省、自治区、直辖市公安厅、局出入境管理部门自行印制)。
2、提交申请人1张正面免冠彩色近照，规格为33mm×48mm。
3、交验身份证件。交验申请人有效居民身份证(未满16周岁的除外)、户口簿原件，并提交复印件。
定居国外的中国公民交验本人有效的《中华人民共和国护照》或《中华人民共和国旅行证》、定居国外的证明，并提交复印件。
代办的，交验代办人居民身份证件，并提交复印件。
4、交验有效的入台许可证明或经确认能够进入台湾地区的有关证明，并提交复印件。
5、已持有效《往来台湾通行证》的，提交《往来台湾通行证》。
6、提交与申请事由相应的证明材料。
7、单位意见。根据《中共中央组织部、中共中央金融工作委员会、中共中央企业工作委员会、公安部、人事部印发〈关于加强国家工作人员因私事出国(境)管理的暂行规定〉的通知》(公通字[2003]13号)的有关规定，登记报备的国家工作人员申请前往台湾提交所在工作单位意见。
持国务院台办“赴台批件”人员申请前往台湾，无须提交所在工作单位意见。
(三)与申请事由相应的证明材料。
1、应邀前往台湾的，提交国务院台办“赴台批件”原件(样式附后),或经省、自治区、直辖市政府台办确认盖章的复印件。
在非常住户口所在地申请的，提交工作证明，交验暂住证原件，并提交复印件。
由组团单位代办的，代办人须提交单位介绍信。
2、经国务院台办经济局审核立项前往台湾进行经贸交流活动的，提交国务院台办经济局“关于应邀往来台湾立项批复”原件(样式附后)。
(四)受理工作
1、查验核实身份。受理申请的公安机关出入境管理部门应面见申请人，查验身份证件，核对申请人身份，对比查验原件与复印件。
2、验收申请表和申请材料。查验申请表有关内容填写是否完整;工作单位的意见是否符合要求。查验合格后，受理人员在有关材料复印件上加盖“与原件核对无误”章;收取申请材料并在申请表 “受理人”处签名。
受理人员认为有疑点的，须对申请人进行必要的询问。申请材料不齐全、不规范的，应将申请材料退回，并要求申请人补充材料。不符合条件的，不予受理，并说明理由。
核查申请人是否持有有效《往来台湾通行证》。对持有有效《往来台湾通行证》的，受理人员应认真查验《往来台湾通行证》的有效期限。对证件有效期届满的，应提醒申请人换领新证件。
对申请应邀前往台湾的，非常住户口所在地公安机关受理申请后无须向其常住户口所在地进行核查。
3、资料录入，出具回执。经过初步审核符合条件的，受理人员将申请人基本资料录入计算机，采集照片，核查是否属法定不准出境人员、申请人是否有申领通行证记录;核定签注种类、有效期限;出具回执。自回执发出之日起计算工作时限。
对申请前往台湾定居的，受理机关应同时签发注销户口三联单。
4、报送审批。对审核无误的申请，受理机关在申请表的相应栏内签署意见，报送审批机关。
二、审批
(一)审批机关
直辖市、地(市)级公安机关出入境管理部门对往来台湾的申请做出批准或者不批准的决定。
(二)审批内容
1、审核受理机关上报的申请材料、手续是否齐备、准确、规范;对录入计算机的有关资料进行核对、修改、补充;审核申请人提出申请前往台湾的事由是否与所申请的签注种类相符。
2、对有遗漏、疑点的申请，要求受理机关调查核实、补充。
3、审核申请人是否属《中国公民往来台湾地区管理办法》第十二条规定不准出境的情形。
4、根据审核情况，对申请人前往台湾的申请做出批准或不批准的决定，签署审批意见。对需要申请人补充材料或重新申请的，审批机关应将有关申请材料退回原受理机关。
对不批准的申请，审批机关应将理由在计算机备注中注明，并将有关信息反馈受理机关。
三、签发
(一)同时申请《往来台湾通行证》及前往台湾签注的，由各省、自治区、直辖市公安厅(局)出入境管理部门集中制作、签发。
对持有有效《往来台湾通行证》申请前往台湾签注的，由直辖市、地(市)级公安机关出入境管理部门签发。
(二)签注种类及有效期限
签注种类根据申请事由用英文字母进行分类。适用范围及具体分类表示为：D—定居，J—居留，T—探亲，L—旅游，Q—其他，访友、接受和处理财产、处理婚丧事宜、诉讼等私人事务， Y—应邀，持国务院台办“赴台批件”赴台进行经济、文化、科技、体育、学术、合作研究等交流活动或者参加会议、进行两岸事务性商谈、采访等，C—执行两岸直航航运任务的人员，F—持国务院台办经济局“关于应邀往来台湾立项批复”赴台进行经贸、交流活动。
签注分为一次前往台湾和多次前往台湾签注两种。具体适用、签发如下：
“Y”类申请，签发6个月有效的一次前往台湾签注。对前往台湾讲学、工作、常驻采访等，需要多次前往台湾的人员，可根据国务院台办 “赴台批件”核准的期限和出入境次数，签发相应期限的多次前往台湾签注。
“C”类申请，签发1年有效的多次前往台湾签注。
“F”类申请，签发6个月有效的一次前往台湾签注。对因技术培训、进修等，需要多次前往台湾的人员，可参照国务院台办“关于应邀往来台湾立项的批复” 核准的在台停留期限和出入境次数，签发相应期限的多次前往台湾签注。
“T”、“D”、 “L”、“Q”类申请，签发6个月有效一次前往台湾签注。
“J”类申请，签发3年有效多次前往台湾签注。
(三)对批准定居的，应办理常住户口注销手续，收回居民身份证，凭户口登记机关出具的注销户口证明签发给前往台湾签注。
四、工作时限
对同时申请《往来台湾通行证》及前往台湾签注的，公安机关出入境管理部门应自受理申请之日起，15个工作日内完成审批和证件、签注的制作、签发。对再次申请签注的，应当在10个工作日内完成审批和签注制作、签发。对紧急的申请，按照急事急办原则，优先审批办理，在5个工作日内办理完毕。
各级公安机关受理、审核、审批、制作签发《往来台湾通行证》及前往台湾签注的具体时限，由各省、自治区、直辖市公安厅、局出入境管理部门根据各地实际工作情况确定，并报公安部出入境管理局备案。
五、证件的补发、换发
(一)证件补发
1、持证人出境前遗失证件，向原受理申请的直辖市、地(市)级公安机关出入境管理部门提出申请，经核实后审批补发给《往来台湾通行证》及相应的前往台湾签注。因特殊情况持证人来不及返回原发证地的，应向原受理申请的公安机关申明原因，由原审批发证的省、自治区、直辖市公安厅、局出入境管理部门委托申请人所在地的同级公安机关出入境管理部门代为补发证件及签注。
2、持证人在境外遗失证件，可通过民间机构或者委托其大陆亲属，向公安部出入境管理局或原受理申请的公安机关出入境管理部门提出申请，并提交拟入境的具体时间、所乘交通工具的班(次)及入境口岸。经核实后，由公安部出入境管理局通知申请人拟入境口岸所在地的公安机关出入境管理部门签发给一次入出境有效的《中华人民共和国入出境通行证》，并通知拟入境口岸的边防检查机关准予入境。入境后由原受理申请的公安机关出入境管理部门补发给证件及签注。
3、公安机关出入境管理部门补发证件的同时，应当将大陆居民遗失《往来台湾通行证》的有关资料报公安部出入境管理局。
(二)证件换发
1、持证人有下列情形之一的，可以申请换发证件：
(1)证件有效期不足6个月或所申请签注有效期超过证件有效期的;
(2)证件内页用完;
(3)证件损毁。
2、申请补发、换发证件，须提交下列有关证明：
(1)补发证件的，提交证件报失地警察机关出具的证明;
(2)换发证件的，提交原持有的《往来台湾通行证》。证件损毁的，提交证件损毁说明书。
3、公安机关出入境管理部门受理申请后，应收回原证件。经核实后审批换发《往来台湾通行证》，签发前往台湾签注。被收回的证件，应登记销毁，并报省、自治区、直辖市公安厅出入境管理部门备案。
六、证件、签注的吊销或者宣布作废
(一)持证人有下列情形之一的，其证件应予以吊销或者宣布作废：
1、持证人具有《往来台湾管理办法》第十二条规定情形之一的;
2、涂改、伪造、骗取的出入境证件的;
3、因从事非法活动被遣返回大陆的。
(二)对已发出的证件，由各省、自治区、直辖市公安厅、局出入境管理部门予以吊销或者宣布作废。
被吊销或者宣布作废的证件，各级公安机关出入境管理部门、各边防检查机关工作中发现后应对持证人依法进行处理，并收缴证件，寄原发证的公安厅、局出入境管理部门登记销毁。
公安部出入境管理局在必要时，对各级公安机关签发的证件、签注可以变更、吊销或者宣布作废。
(三)公安机关出入境管理部门应将补发、换发证件及宣布吊销、作废证件、签注的有关资料及时输入计算机信息管理系统。
